Mots clés – axes scientifiques

Axe 1 : Structure et dynamique spatio-temporelles des microbiomes - du continuum Terre-Mer jusqu’à l’aliment

Mots clés : connaissance, microbiomes, structure, dynamique, milieu marin, pression anthropique, changements globaux, continuum « Terre-Mer »,  ressource alimentaire marine, cycle de vie jusqu’au consommateur.

i) Environnement littoral

Mots clés : microorganismes pathogènes pour l’homme,  environnement littoral, rejets, bassins versants, origine des contaminations, facteurs de dispersion, relation pathogène – hôte, relation pathogène avec son micro-environnement, communautés bactériennes ou virales, crises sanitaires et coordination des informations disponibles (santé unique), métagénomique (agnostique et/ou ciblée), eaux usées, eau de mer, coquillages, anticipation de l’émergence d’agents pathogènes, changement global, observatoire ROME.  

ii) De la pêche à l’assiette

Mots clés : microbiotes, qualité / sécurité, produits de la mer, chaîne de transformation / distribution / conservation, métagénomique, métatranscriptomique, NGS, métabarcoding, amplification PCR, techniques culturales classiques, connaissances de l’ensemble des gènes détectables, données complémentaires (caractéristiques sensorielles, volatilome, métabolome…), potentiel fonctionnel du microbiome, expression des gènes au sein de la communauté microbienne,  voies métaboliques impliquées, biomarqueurs de la qualité et sécurité sanitaire.

 

Axe 2 : Impact des microorganismes sur la qualité et la sécurité sanitaire des produits de la mer

Mots clés : mécanismes d’interaction, espèces modèles identifiées, compréhension du pouvoir pathogène, capacité d’altération, échelle cellulaire.

i) Les déterminants du risque viral infectieux dans les produits de la mer

Mots clés : pouvoir infectieux des virus détectés,  capacité à persister, norovirus, modèle cellulaire d’entéroïdes humains, réplication in vitro, rôle molécules / bactéries … sur dissémination / persistance des virus, purification des mollusques bivalves, décontamination de l’eau de mer, évolutions méthodologiques / normatives / réglementaires, actions de référence au niveau national ou européen.

ii) Les déterminants génétiques et phénotypiques des bactéries impliqués dans le pouvoir pathogène et l’altération

Mots clés : mécanismes,  effets néfastes,  espèces modèles pathogènes, espèces d’altération, phénotype de virulence,  association génomique / phénotypes, résistance aux antibiotiques, production de composés altérants ou allergènes.

iii) Les mécanismes d’interactions microbiennes pouvant affecter la qualité et sécurité sanitaire des produits de la mer

Mots clés : investigation de certains mécanismes d’interaction non élucidés, étude in vitro des compétitions bactériennes, genres non étudiés, biopréservation, biocontrôle en filière aquacole.

Axe 3 : Métabolismes microbiens et molécules marines innovantes pour la santé et le bien-être

Mots clés : bactéries marines, production de molécules à haute valeur ajoutée,  applications en santé humaine / animale / dermo-cosmétique, antimicrobiens, exopolysaccharides (EPS) mimétiques des glycosaminoglycanes (GAG), enzymes de modification des EPS, lever les verrous / marché cible.

i) Mettre en œuvre des bioprocédés pour produire et purifier les molécules

Mots clés : optimisation des rendements de production, compréhension des voies de biosynthèse et de régulation, étude génomique et/ou transcriptomique, culturomique, influence du quorum sensing, clusters génétiques de biosynthèse,  nouvelles méthodes pour la production de métabolites bioactifs.  

ii) Mieux comprendre les relations structure-fonction des métabolites bioactifs.

Mots clés : modification chimiques / enzymatiques des EPS, propriétés biologiques, enzymes de dépolymérisation /  fonctionnalisation (sulfotransférases), nouvelles modifications structurales (lipophilisation pour l’industrie cosmétique), macro- et micro- structuration des EPS (hydrogel, microgel), encapsulation des principes actifs (facteurs de croissance, cellules),  motifs structuraux de l'affinité des EPS et de leurs dérivés pour les virus.

iii) Bio-prospection de molécules actives

Mots clés : exploration de la chimiodiversité de la souchothèque, criblage génomique et fonctionnel d’EPS / enzymes / antimicrobiens, autres métabolites d’intérêt, bioprospection, métagénomique fonctionnelle, déréplication.